根據國家現行頒布的財稅文件:財稅[2000]91號、財稅[2008]65號、財稅[2008]159號、財稅[2011]62號、國家稅務總局令第35號《個人所得稅、企業所得稅法》及其實施條例，結合各地頒布的與有限合伙企業相關的地方稅收政策，對有限合伙企業各方面的稅收政策進行梳理和分析，以供參考
有限合伙企業的納稅人
1.在所得稅制度中，有限合伙企業本身不具有法人資格，不作為納稅人。對合伙企業生產經營所得和其他所得，按照“先分后征”的原則征收所得稅，合伙人均為納稅人，分別繳納個人所得稅或企業所得稅。從合伙人投資的角度來看，稅率根據投資者的屬性而有所不同。自然人合伙人繳納個人所得稅，法人或其他機構繳納企業所得稅。上述生產經營收入和其他收入包括合伙企業分配給全體合伙人的收入和企業當年留存的收入(利潤)。
此外，合伙企業在生產經營過程中，除上述所得涉及的稅費外，其他稅費均由合伙企業以自己的名義繳納。
有限合伙企業的收入類型和自然人合伙人的適用稅率
二、根據現行財稅政策，合伙企業的收入包括生產經營所得和利息、股息、紅利所得。
1.生產經營收入
有限合伙的自然人合伙人，無論是普通合伙人還是有限合伙人，其生產經營所得，比照《個人所得稅法》所列“個體工商戶生產經營所得”的應稅項目，計算征收5% ~ 35%的超額累進稅率。自2011年9月起，合伙投資者生產經營所得依法征收個人所得稅，費用扣除標準統一確定為42000元/年。由于應納稅所得額超過10萬元適用稅率的35%，合伙企業個人投資者的適用所得稅稅率通常為35%。
2.股息和紅利收入
根據《國家稅務總局關于實施〈個人獨資企業和合伙企業投資者個人所得稅若干規定〉的通知》(國稅函〔2001〕84號)，這部分收入不納入合伙企業收入，但作為投資者的個人利息、股息、紅利所得，按“利息、股息、紅利所得”征稅
3.某些領域的特殊規定
根據地區文件《關于促進北京市股權投資基金業發展的意見》(京辦發[2009]5號)，個人合伙人取得的所得，按照“利息、股息、紅利所得”或“財產轉讓所得”的稅目征收個人所得稅，稅率為20%。蘇州、新疆規定，在類似《促進京津地區股權投資基金業發展的辦法》(津[2009]45號)的合伙股權投資基金中，自然人有限合伙人按照“利息股息、紅利所得”或“財產轉移所得”項目征收個人所得稅，稅率為20%；自然人的普通合伙人，執行合伙業務，是基金的出資人，在取得的收入可以明確分割的情況下，對投資收益或者股權轉讓收益，適用20%的稅率。深圳、寧波，2010年《關于促進股權投資基金業發展的若干規定》，寧波，2008年10月《關于印發〈永金辦〔2008〕9號〉的通知》，執行有限合伙企業合伙事務的自然人普通合伙人，按照“個體工商戶生產經營所得”稅目，適用5%-35%的五級超額累進稅率， 和征收個人。不執行有限合伙企業合伙事務的自然人有限合伙人，應當按照從有限合伙企業取得的“利息、股息、紅利所得”的應稅項目，按照20%的稅率繳納個人所得稅。 在深圳、杭州、山東，規定與《關于寧波、上海、上海股權投資企業工商登記的通知》類似。2008年，有限合伙企業合伙事務自然人普通合伙人按照“個體工商戶生產經營所得”稅目，適用5%-35%的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。有限合伙企業合伙事務中的自然人有限合伙人，應當按照從有限合伙企業取得的“利息、股息、紅利所得”的應稅項目，按20%的稅率繳納個人所得稅。2011年5月3日，對該政策內容進行了修改，僅刪除了“以合伙企業形式設立的股權投資企業和股權投資管理企業的生產經營收入和其他收入，由合伙人按照“先分后納稅”的原則作為納稅人繳納”等內容。
可見，自然人有限合伙人的個人所得稅按照“股息紅利所得”20%的稅率征稅。但自然人普通合伙人分紅和獎金的個人所得稅規定存在較大差異。深圳、杭州、寧波、山東等地區統一征收5%-35%，北京無論普通合伙人還是有限合伙人均征收20%；但天津根據合伙人收入的性質要求不同的稅務處理方式。
自然人有限合伙人從有限合伙企業取得的股權投資所得，按照“利息、股息、紅利所得”的應稅項目，按照20%的稅率計算繳納個人所得稅。股權投資收益包括股息、紅利收入和股權轉讓收入。股權轉讓所得按91號文規定屬于“生產經營所得”的，自然人合伙人分享的所得按“個體工商戶生產經營所得”征稅，適用5%-35%的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。地方政策與國家稅務總局的政策不同，導致稅收負擔的地區差異。對于上述事項，國家稅務總局目前尚未確定地方政策。地方政策在實踐中相當于擴大了合伙企業“利息、股息、紅利所得”的范圍。
但值得特別注意的是:現實中很多有限合伙企業的GP通常是有限公司，不是自然人，投資取得的股息、紅利計入公司的投資收益，按照企業所得稅的有關規定納稅。
法定合伙人收入特別政策
三.股息收入免稅
法人合伙人通過合伙企業進行的股權投資屬于間接投資，不能享受股息、紅利所得的免稅待遇。政策依據:《中華人民共和國企業所得稅法》第二十六條第二款規定，符合條件的居民企業之間的股息、紅利等股權投資所得為免稅所得。《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第八十三條企業所得稅法第二十六條第(二)項所稱符合條件的居民企業之間的股息、紅利等股權投資收益，是指居民企業直接投資于其他居民企業取得的投資收益。
彌補合伙企業分配的損失(抵消是有限的)
用兩個問題和答案來理解:
Q1:合伙企業虧損，法定合伙人(X公司)能否按照合伙比例計算虧損，沖減X公司當年利潤？
答:財稅[2008]159號文件規定，“合伙企業的合伙人是法人和其他組織，合伙人在計算企業所得稅時，不得以合伙企業的虧損沖減其利潤。”因此，合伙企業發生的虧損只能由合伙企業以后年度的應納稅所得額彌補，不得沖減X公司當期應納稅所得額。
Q2:如果法定合伙人(X公司)今年虧損，合伙企業分配的收入能彌補X公司的虧損嗎？
答:X公司按照合伙比例計算的應納稅所得額，必須納入X公司當年應納稅所得額總額，統一計算企業所得稅。十.對投資特定企業的稅收優惠
《財政部、國家稅務總局關于將國家自主創新示范區稅收試點政策向全國推廣的通知》(財稅(2015)116號，以下簡稱“116號文件”)第一條第一款規定，截至2015年10月1日，全國范圍內有限合伙創業投資企業以股權投資方式投資未上市中小高新技術企業滿2年(24個月)的， 有限合伙創業投資企業的法定合伙人可以按照其在未上市中小高新技術企業投資的70%從有限合伙創業投資企業中扣除法定合伙人的應納稅所得額。 當年抵扣不足的，可以結轉以后納稅年度抵扣。
有限合伙中合伙人的納稅地點
四、自然人合伙人納稅地點
根據財稅[2000]91號文件規定，自然人股東從合伙企業取得的生產經營收入，由合伙企業向企業實際經營管理地主管稅務機關申報繳納，并將個人所得稅申報表抄送投資者。91號通知第二十條規定，自然人合伙人通過合伙企業從被投資單位取得的股息、紅利，由投資者向企業實際經營管理地主管稅務機關申報繳納。自然人合伙人應每日在合伙企業的生產經營場所申報繳納個人所得稅；在年度結算中，如果投資兩個以上的合伙企業，應選擇其中一個合伙企業辦理年度結算。
法定合伙人的納稅地點
根據財稅[2008]159號文規定，合伙企業的生產經營收入和其他收入，采取“先分后征”的原則。法人合伙人(X公司)從合伙企業分得的收入，應并入X公司應納稅所得額總額繳納企業所得稅，稅款由X公司注冊地主管稅務機關繳納。根據法人的不同性質，法人合伙人有不同的納稅地點，可分為以下四類:
(一)在中國注冊的居民企業，納稅地點為企業注冊地；
(二)境外注冊的居民企業，納稅地點為實際管理機構所在地；
(三)非居民企業取得《中華人民共和國企業所得稅法》第三條第二款規定的所得，應當在其機構、場所所在地納稅。非居民企業在中國境內設立兩個以上機構和場所的，經稅務機關審核批準，可以選擇其主要機構和場所繳納企業所得稅；
④非居民企業取得《中華人民共和國企業所得稅法》第三條第三款規定的所得，納稅地點為扣繳義務人所在地。
有限合伙企業合伙人的其他稅務注意事項
5.即使合伙企業的留存收益在當年沒有分配，也需要納稅
合伙企業的應納稅所得額不是指合伙企業的實際分配額，而是按照合伙比例計算的應納稅所得額，即無論合伙企業是否實際分配，合伙人當年實現的應納稅所得額都應當按照合伙比例計算。其中:
(一)合伙企業的合伙人按照合伙協議中約定的與合伙企業生產經營所得和其他所得的分配比例確定應納稅所得額。
(二)合伙協議沒有約定或者約定不明確的，按照合伙人協商確定的分配比例，以全部生產經營所得和其他所得確定應納稅所得額。
(三)協商不成的，按照合伙人在全部生產經營收入和其他收入中的實收資本出資比例確定應納稅所得額。
(四)出資比例不能確定的，以全部生產經營收入和其他收入為基礎，按照合伙人人數平均計算各合伙人的應納稅所得額。
⑤合伙協議不得規定將全部利潤分配給部分合伙人。
政策依據:《關于合伙企業合伙人所得稅問題的通知》(財稅[2008]159號)。
從企業留存收益的稅收規定來看，企業納稅人可以選擇不分配利潤，從而規避或延遲個人股東的個人所得稅納稅義務，甚至直接將未分配利潤轉入股本用于企業再投資。投資者在有限合伙企業中取得的收益，無論是留存還是分配，都需要納稅，導致投資者的應納稅所得額高于企業法人，增加了再投資成本。
自然人合伙人通過多層合伙取得的投資收益
根據國稅函[〔2001〕84號文第二條規定，個人獨資企業和合伙企業對外投資取得的利息、股息、紅利，不得計入企業收入，應當單獨作為投資者取得的利息、股息、紅利所得，并按照“利息、股息、紅利所得”的應稅項目計算繳納個人所得稅。但國稅函[[2001]84號僅解決了單層合伙中“利息、股息、紅利”的法律屬性問題，因此對于多層合伙實體，“利息、股息、紅利”的法律形式能否滲透并保持不變，也是當前合伙合伙人關注的問題。
合伙企業股權變更的稅收政策。
到目前為止，對轉讓合伙份額的合伙人如何征稅還沒有明確的規定。但在實踐中，主要的做法是按照“財產轉移所得”向合伙人征收所得稅，允許在稅前扣除財產原值和合理費用。即根據現行個人所得稅政策，自然人合伙人按照“財產轉讓所得”和20%的稅率繳納個人所得稅。例如，廣州市制定了《[2010年個人所得稅若干稅種指引》(穗地稅水寒[[2010]141號)，規定:“個人獨資企業、合伙企業投資者轉讓其在企業中的財產份額時，其轉讓所得扣除財產原值和合理費用后的余額，應作為應納稅所得額，對“財產轉讓所得”項目，按20%的適用稅率繳納個人所得稅。
不同的清算項目不能收支平衡。
合伙企業通常采用多元化和組合投資的方法。在實踐中，有時合伙企業首先用資金從項目中收回利潤，然后退出項目并虧損。清算后，企業普遍虧損。目前，我國的個人所得稅制度采用分項稅制，而不是綜合稅制。自然人合伙人不能抵消不同投資項目的損益。即使整體虧損大于盈利，也要對盈利繳納個人所得稅。
有限合伙企業合伙人的納稅籌劃
第六，合伙的合伙人類型不同時，稅收政策也不一樣，具體分析比較要從更多的角度和層面入手。根據優惠對象的不同，可分為基金合伙人稅收優惠、基金和基金管理人稅收優惠、不同地區基金管理人稅收優惠等幾種優惠政策進行比較。根據稅收優惠的不同，大致可以分為:資金和管理人員的財政補貼、個人或企業所得稅優惠、企業營業稅優惠等。或者從基金設立到退出的過程來看，可以分為新企業注冊獎勵、企業成立后納稅獎勵、基金退出投資項目時的地方優惠等。